Сравнительный анализ лабораторных и портативных платформ для количественной ПЦР: CFX, MIC и Biomeme Franklin, предназначенных для диагности АЧС и гриппа птиц
Оперативная диагностика является критическим условием раннего выявления и эффективного контроля трансграничных болезней животных, включая африканскую чуму свиней (АЧС) и грипп птиц (ГП). Своевременное лабораторное подтверждение позволяет незамедлительно реализовать противоэпизоотические мероприятия на уровне хозяйства, что особенно важно для сдерживания распространения высококонтагиозных инфекций.
В условиях ограниченных ресурсов, где транспортировка образцов, поддержание холодовой цепи и доступ к централизованным лабораториям затруднены, портативные системы количественной ПЦР обладают несомненным эксплуатационным преимуществом. Они позволяют проводить тестирование на месте отбора проб или в непосредственной близости от него, существенно сокращая время от постановки диагноза до принятия управленческих решений.
В настоящей работе проведена сравнительная оценка трёх платформ для количественной ПЦР, применяемых для детекции вируса АЧС и вируса гриппа птиц (ВГП). Исследованы две стационарные лабораторные системы — CFX96 Touch (Bio-Rad) и MIC (BioMolecular Systems) — и одна портативная платформа Franklin (Biomemex). Валидация выполнена на панели, включающей 72 образца вируса АЧС (генотипы I, II, IX, XIV, XXIII, а также рекомбинантный генотип I/II) из 11 стран и 50 образцов вируса гриппа птиц (субтипы H5N1 и H9N2) из 7 стран.
Стационарные системы CFX96 и MIC продемонстрировали стабильную и воспроизводимую работу без дополнительной оптимизации. Портативная система Franklin изначально требовала адаптации протокола, так как применение стандартной методики, рекомендованной Всемирной организацией по охране здоровья животных (ВОЗЖ), приводило преимущественно к ложноотрицательным результатам. Однако после модификации условий амплификации эффективность детекции была восстановлена.
Пределы обнаружения (LoD) на реакцию, рассчитанные методом пробит-анализа, составили: для CFX96 — 21,28 (95% ДИ: 14,85–68,67); для MIC — 32,76 (95% ДИ: 21,12–96,11); для Franklin с лиофилизированными реагентами — 4,12 (95% ДИ: 2,71–14,97); для Franklin с адаптированным протоколом — 6,85 (95% ДИ: 4,33–20,11). После оптимизации все три платформы показали высокую диагностическую чувствительность и специфичность при выявлении вируса АЧС.
При использовании стандартного протокола детекции ВГП на платформах MIC и Franklin по сравнению с CFX96 отмечались ложноотрицательные результаты, что указывает на необходимость индивидуальной валидации методик для каждой системы.
Стационарные платформы CFX96 и MIC продемонстрировали высокую надёжность в рамках стандартных лабораторных процедур. Портативная система Franklin обеспечила превосходную аналитическую чувствительность, однако потребовала адаптации протокола к условиям, рекомендованным ВОЗЖ. Полученные результаты подтверждают потенциал портативных ПЦР-систем для полевой диагностики при условии предварительной оптимизации и валидации методик.
