Инновационный подход к полногеномному секвенированию вируса африканской чумы свиней

Вирус африканской чумы свиней (ВАЧС/ASFV) является возбудителем высококонтагиозного геморрагического заболевания, поражающего диких кабанов и домашних свиней, с уровнем смертности до 100%. На сегодняшний день наиболее эффективной мерой предотвращения вспышек АЧС является раннее выявление вируса. В этом контексте полногеномное секвенирование позволяет собрать подробную информацию о вирусе и его эпидемиологии.
В данной работе представлен новый подход к полногеномному секвенированию вируса АЧС, основанный на методе Multiple displacement amplification (MDA) с использованием ДНК-полимеразы Phi29. Продемонстрировано, что применение всего семи праймеров в сочетании со стадией денатурации ДНК позволяет получить почти полный геном вируса АЧС из ДНК, выделенной из образцов крови инфицированных свиней с добавлением ЭДТА. Также показано, что предварительная обработка ДНК перед MDA увеличивает общее покрытие генома и процент вирусных прочтений, который был выше при использовании щелочного лизирующего буфера. Этот новый метод полногеномного секвенирования может быть использован в качестве быстрого и избирательного метода для определения геномной последовательности вируса АЧС и других ДНК-содержащих вирусов.
ссылка на публикацию