Появление рекомбинантных штаммов вируса гриппа птиц H5N1 D1.1 в Северной Америке
С 2021 года высокопатогенные вирусы гриппа птиц H5N1 клады 2.3.4.4b широко распространились среди диких птиц Северной Америки и неоднократно передавались млекопитающим. В 2025 году в Западном полушарии зарегистрированы первые летальные исходы инфекции H5N1 у людей, что актуализировало вопрос о влиянии эволюции вируса в диких птицах на риск его трансмиссии человеку.
Анализ 21 471 генома H5N1 выявил в середине 2024 года эволюционный сдвиг, обусловленный межполушарной миграцией вируса из Азии и рекомбинацией с новыми антигенами. Генотипы, доминировавшие в первые годы эпизоотии в Северной Америке, имели европейское происхождение, тогда как источником вирусов генотипа D1.1 стала Азия. Данные вирусы характеризуются более высокой скоростью распространения, повышенным реассортационным потенциалом, расширенным спектром хозяев, неоднократной передачей крупному рогатому скоту и способностью вызывать тяжёлые заболевания у людей, в том числе не связанных с сельским хозяйством.
Занесённые в 2021 году из Европы в Ньюфаундленд вирусы H5N1 распространились по Северной Америке и вступили в реассортацию с местными вирусами низкопатогенного гриппа птиц (НПГП). Нереассортированные евразийские вирусы отнесены к генотипу А, реассортантные — к генотипам B, C и D. Генотипы B стали причиной массовой гибели диких животных на побережье Южной Америки (B3.2), заражения коз (B3.6) и эпизоотии среди молочного скота в США (B3.13). Возникший в 2024 году генотип D1.1 (с сегментом N1 от НПГП) нанёс значительный ущерб птицеводству, стал причиной первых летальных исходов от ВПГП среди людей в Америке и неоднократно передавался молочному скоту. В отличие от инфекций B3.13 (слабовыраженный конъюнктивит у работников животноводства), зоонозы, вызванные D1.1, сопровождались тяжёлой клиникой, а источник заражения часто оставался неочевидным.
С применением байесовских филодинамических подходов идентифицированы ключевые эволюционные процессы: межконтинентальная миграция, быстрая пространственная диффузия, реассортация с НПГП и межвидовая передача с адаптацией к хозяину. Появление D1.1 свидетельствует о возрастающей роли Северной Америки как источника рекомбинантных штаммов H5N1 с пандемическим потенциалом. Полученные данные подтверждают модель, согласно которой глобальные вирусные связи приводят к формированию в новых экологических нишах генотипов с повышенной эволюционной пластичностью после рекомбинации с локальными генофондами (НПГП).
Поскольку Северная и Южная Америка становятся новым эпицентром эволюции H5N1, требуется срочное расширение региональной инфраструктуры эпиднадзора и мониторинга в реальном времени. Экологическая обстановка в Западном полушарии имеет особенности по сравнению с Евразией, включая высокую восприимчивость южноамериканских морских млекопитающих к H5N1 и системы животноводства с протяжёнными перемещениями скота, способствующие персистенции вируса в популяциях молочного скота. Несмотря на приоритетное секвенирование высокопатогенных штаммов, низкопатогенные вирусы не могут игнорироваться, так как они представляют собой серьёзную пандемическую угрозу и являются источниками ключевых сегментов для новых реассортантов H5N1. Недостаточная представленность последовательностей НПГП из разных стран в публичных базах данных снижает филогенетическую разрешающую способность и затрудняет идентификацию событий реассортации.
