Полногеномный анализ вируса АЧС, циркулирующего на левобережье Днепра: генотип II и его уникальные мутации
Впервые проведен полногеномный анализ вируса АЧС, циркулирующего на территории левобережья Днепра, на примере 5 изолятов, выделенных в Донецкой, Луганской и Запорожской областях от домашних свиней в 2023 г. Все они отнесены к генотипу II, имеют монофилетическое происхождение, филогенетически близки кладам «Европа» (4/5) и «Брянск 2021» (1/5).
В целом на территории данных субъектов не отмечается эмерджентность АЧС, а характерно внутрикластерное распространение. Изученные изоляты относятся к субгенотипу 3b и имеют высокий уровень гомологии (99,95–99,99%) с большинством референтных штаммов, принадлежащих генотипу II и зарегистрированных в Евразии. Однако выявлены ранее не описанные точечные мутации, уникальные для каждого изолята, которые позволят идентифицировать родственные варианты.
Кроме того, обнаружены многочисленные замены в локусах мультигенного семейства MGF 110, 505 и 360, кодирующих факторы вирулентности, у 4 изолятов из Донецкой и Запорожской областей, что может также влиять на изменение иммунобиологических свойств возбудителя АЧС.
На примере изучения филогении показаны достаточные для дифференциации показатели вариабельности и гетерогенности вируса АЧС генотипа II, происходящего от референс-штамма Georgia 2007/1. Представленные данные обладают теоретической и практической значимостью при усовершенствовании и разработке мер профилактики, а также могут значительно расширить возможности внутреннего и международного надзора за АЧС.
ссылка на публикацию
В целом на территории данных субъектов не отмечается эмерджентность АЧС, а характерно внутрикластерное распространение. Изученные изоляты относятся к субгенотипу 3b и имеют высокий уровень гомологии (99,95–99,99%) с большинством референтных штаммов, принадлежащих генотипу II и зарегистрированных в Евразии. Однако выявлены ранее не описанные точечные мутации, уникальные для каждого изолята, которые позволят идентифицировать родственные варианты.
Кроме того, обнаружены многочисленные замены в локусах мультигенного семейства MGF 110, 505 и 360, кодирующих факторы вирулентности, у 4 изолятов из Донецкой и Запорожской областей, что может также влиять на изменение иммунобиологических свойств возбудителя АЧС.
На примере изучения филогении показаны достаточные для дифференциации показатели вариабельности и гетерогенности вируса АЧС генотипа II, происходящего от референс-штамма Georgia 2007/1. Представленные данные обладают теоретической и практической значимостью при усовершенствовании и разработке мер профилактики, а также могут значительно расширить возможности внутреннего и международного надзора за АЧС.
ссылка на публикацию
