Оптимизация петлевой изотермической амплификации для выявления гриппа птиц
В журнале «Animals» опубликована статья сотрудников ФГБНУ ФИЦВиМ «Optimization of Loop-Mediated Isothermal Amplification for Avian Influenza Detection».
Регулярный мониторинг вируса гриппа птиц играет ключевую роль в борьбе с заболеванием, позволяя выявлять вспышки на ранней стадии и оценивать эффективность мер борьбы. Проведение анализа образцов в полевых условиях имеет решающее значение для раннего выявления инфекции и предотвращения ее распространения среди популяций диких птиц и птицефабрик. Такой подход обеспечивает своевременную оценку эпидемиологической ситуации, помогает в выявлении новых вирусных штаммов и поддерживает целенаправленные меры контроля, которые жизненно важны для поддержания здоровья птиц и благоприятной эпизоотической обстановки.
В настоящее время одной из наиболее перспективных альтернатив ПЦР в реальном времени является метод LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), который обеспечивает сопоставимую чувствительность и специфичность, но при этом позволяет проводить анализ без сложного оборудования. Применение LAMP значительно сокращает время диагностики и упрощает процесс тестирования, что особенно важно для возможного применения в полевых условиях и в ситуациях, требующих быстрого реагирования на вспышки инфекционных заболеваний.
В этом исследовании представлены оптимизированные протоколы выявления вируса гриппа птиц с помощью RT-LAMP в реальном времени и колориметрического LAMP с использованием нескольких визуальных индикаторов (крезолового красного, малахитового зелёного, кальцеина). Валидация показала, что LAMP в реальном времени с использованием SYBR Green по эффективности сравнима с ПЦР в реальном времени, при этом предел обнаружения соответствует Ct = 38 и аналитическая чувствительность составляет 100 % (95 % ДИ: 80–100). Колориметрический формат LAMP показал предел чувствительности в 102 копий плазмиды (Ct = 32 в ОТ-ПЦР) с аналитической чувствительностью 91,67 % (95 % ДИ: 76,1–100). Проверка специфичности подтвердила, что амплификация происходит исключительно в образцах вируса гриппа птиц (подтипы H1–H12), без перекрестной реакции с другими вирусами птиц или отрицательными контролями. Хотя мониторинг в полевых условиях в период исследования не выявил случаев естественного заражения вирусом гриппа птиц, комплексное параллельное тестирование с помощью ПЦР в реальном времени показало 100%-ное совпадение результатов во всех полевых образцах (n = 69), что подтверждает надежность метода диагностики. Оптимизированные протоколы LAMP представляют собой надёжную и быструю систему обнаружения, которая подходит для условий с ограниченными ресурсами. Она позволяет выявлять вспышки на ранней стадии и расширяет возможности эпиднадзора без использования сложного оборудования.
