Полногеномная характеристика двух различных штаммов вируса РРСС-1 (PRRSV-1), выделенных от одной свиньи
С таксономической точки зрения, вирус репродуктивно-респираторного синдрома свиней (РРСС) представлен двумя видами: Betaarterivirus suid 1 (РРСС-1/PRRSV-1, генотип 1, Европейский) и Betaarterivirus suid 2 (РРСС-2/PRRSV-2, генотип 2, Североамериканский). Референс-штаммами, исторически положенными в основу классификации для этих видов, являются вирус Lelystad (для PRRSV-1) и штамм ATCC VR-2332 (для PRRSV-2).
В Китае циркулирующие штаммы вируса РРСС-1 филогенетически относятся к линии 1 (западноевропейский подтип I) и подразделяются на семь отдельных генетических подгрупп. В последние годы отмечается значительное увеличение частоты обнаружения и географического распространения данного вируса. Ранее изоляты характеризовались относительно низкой вирулентностью. Однако исследования указывают на тенденцию к её увеличению. Современные молекулярно-генетические исследования выявляют существенную геномную гетерогенность среди штаммов вируса РРСС-1, циркулирующих в различных свиноводческих хозяйствах Китая. В то же время, изоляты, полученные в пределах отдельной фермы, демонстрируют высокую степень генетического сходства, что свидетельствует о их общем происхождении и локальной передаче. Однако в ходе настоящего исследования у одной особи были идентифицированы два штамма вируса РРСС-1 (TZJ3556-1 и TZJ3556-2), демонстрирующие низкий уровень геномного сходства. Анализ эпидемиологического анамнеза и практики управления на данной ферме позволяет предположить, что инфекция обусловлена интенсивным обменом между хозяйствами, включающим перемещение персонала, поголовья свиней и генетического материала (спермы). Дополнительным фактором, способствующим генетическому разнообразию вируса, стала перестройка системы свиноводства Китая вследствие эпизоотии АЧС. Широкий переход от замкнутого цикла воспроизводства к практике закупки молодняка из различных регионов для откорма многократно увеличивает риск интродукции новых генетических вариантов патогена. Указанные факторы создают предпосылки для одновременной циркуляции на одной ферме или даже у одной особи нескольких гетерогенных штаммов вируса РРСС-1. Подобная циркуляция значительно повышает риск возникновения внутри- и межгрупповых рекомбинаций, что может привести к появлению новых, более вирулентных и генетически сложных рекомбинантных штаммов. Возрастающее геномное разнообразие вируса РРСС-1 в сочетании с высокой частотой рекомбинационных событий создаёт серьёзные проблемы для эффективного контроля и профилактики инфекции.
В сложившихся условиях критически важное значение приобретает строгое соблюдение мер биобезопасности. Хозяйствам необходимо усилить мониторинг, включающий детекцию как вирусного антигена, так и специфических антител, особенно при вводе нового поголовья или использовании генетического материала. Также серьезную проблему создает отсутствие в материковом Китае коммерческой вакцины против вируса РРСС-1, являющейся важным инструментом контроля. Для её решения необходима интеграция высокопроизводительного секвенирования в эпидемиологический надзор, что ускорит изучение патогенеза и разработку вакцин против циркулирующих штаммов.
